爱沙尼亚专利申请有效期自申请日起20年内有效。医药专利和农药专利可以申请延长保护期5年。当保护期延长时，将颁发补充保护证书（SPC）。
如果发明信息是在申请日前12个月内公布的，那么该爱沙尼亚专利申请将不会失去新颖性。
一、爱沙尼亚专利申请流程
提出爱沙尼亚专利申请后，进行为期一个月的形式审查。如果爱沙尼亚专利申请材料符合形式审查的要求，将发出通过形式审查的通知。根据爱沙尼亚的法律，实质性审查在申请公布后自动进行(无需向专利局提出请求)。如果发明符合专利性要求，将发布授权决定通知。支付授权官费后，将颁发专利证书。
爱沙尼亚专利申请需要1-2年时间。
国外申请人必须委托爱沙尼亚专利代理人开展爱沙尼亚专利申请等相关活动。
二、爱沙尼亚专利申请所需材料
1.爱沙尼亚专利申请人和发明人的姓名、地址和国籍；
2.在先申请或PCT申请的申请号和申请日期；
3.专利说明书，权利要求书、摘要和附图；
4.修改文件的副本(如果有)；
爱沙尼亚专利申请人签署的授权委托书应在申请日起2个月内提交给爱沙尼亚专利局，无需公证和认证；
如果《巴黎公约》申请要求优先权，应提供优先权文件的核证副本，并在优先权日起16个月内向爱沙尼亚专利局提交；
PCT申请进入爱沙尼亚国家阶段的期限是从优先权日起31个月。《巴黎公约》申请进入爱沙尼亚国家阶段的时限是从优先权日起12个月。
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